Datuk Jalaluddin berkahwin sebanyak 3 kali. Beliau berkahwin dengan Datin Hashimah Haji Aksan pada 1977 dan dikurniakan 8 anak dan 14 cucu, Datin Hashimah meninggal dunia pada 5 November 2016 akibat komplikasi pembedahan jantung di Hospital Universiti Kebangsaan Malaysia (HUKM).[25][26][27] Datuk Jalaluddin pernah berkahwin kali kedua bersama Ridani Ghani pada 2 Februari 1997, namun perkahwinan tersebut tidak mampu bertahan lama.

Pada 12 November 2017, selepas sekian lama berkenalan menerusi Facebook,[28] beliau mendirikan rumahtangga buat kali ketiga bersama wanita pilihannya Rapidah Abd Ghani dengan sekali lafaz.[29] Rapidah mempunyai empat anak dari perkahwinan terdahulu.[29][30][31][32]

Pada Oktober 2015, Jalaluddin menafikan mengenai berita bahawa beliau telah meninggal dunia seperti yang tersebar di laman media sosial. Dalam temuramah bersama Berita Harian Singapura, Jalaluddin berkata pada mulanya beliau tidak ambil pusing mengenai khabar angin itu.[33] Pada Oktober 2017, beliau dikejarkan ke Hospital Kuala Lumpur selepas mengadu sesak nafas, Jalaluddin ketika itu baru sahaja menjayakan rancangan Assalamualaikum di TV AlHijrah.[34]

Pada 2011, Datuk Jalaluddin tampil membuat penjelasan berhubung penyebaran berita perkahwinan penyanyi, Syella Kamaruddin yang dikaitkan dengan abangnya, Tan Sri Musa Hassan. Berita yang tersebar di laman maya itu, membuatkan beliau dan keluarga terkejut besar dan menyifatkannya sebagai satu tindakan yang memalukan.[35][36]

Bapa beliau, Tan Sri Hassan Azhari meninggal dunia pada 6 Oktober 2018 akibat kanser limfoma.[37] Datuk Jalaluddin mendedahkan keputusan untuk menceburi bidang seni pernah ditentang bapanya: “Arwah pernah tentang minat (dalam bidang seni). Tentangan daripada arwah adalah kenangan yang tidak mungkin dapat saya lupakan. Namun, lama-kelamaan arwah merestui minat saya selepas melihat kesungguhan saya dalam bidang seni."[38]